قامت إدارة المدن بالعديد من الإجراءات لحماية طلابها فى ظل الظروف الطارئة، وبناءًا على توجيهات معالى رئيس الوزراء بتاريخ (2020/3/14) حيث تم إخلاء المبانى وتعقيمها من خلال خطة تم وضعها من قبل إدارة مواجهة الأزمات بالجامعة وقد ذودت مبانى المدن الجامعية ببوابات تعقيم على المداخل الرئيسية.