تعد مستشفى أسوان الجامعى المستشفى الوحيدة فى محافظة أسوان التى تستقبل المرضى من جميع أنحاء مراكز المحافظة وكذلك المحافظات المجاورة، حيث أنها بعد تحولها إلى مستشفى جامعى زاد عدد الأقسام بها من (8) أقسام إكلينيكية إلى (24) قسم فى كل التخصصات التى كانت غير موجودة من قبل، وبدلاً من تحويل المرضى إلى محافظة أسيوط أو القاهرة أصبح العلاج بأسوان وفقًا لإحصائية مرفق الإسعاف حيث قلت نسبة التحويلات إلى أقل من 5%، وتشتمل مستشفى أسوان الجامعى على الأقسام التالية:
| قسم الجراحة العامة | قسم جراحة الأورام | قسم جراحة الفم والوجة والفكين |
| قسم جراحة الأطفال | قسم جراحة الأوعية الدموية | قسم جراحة المخ والأعصاب |
| قسم جراحة التجميل | قسم جراحة العظام | قسم جراحة المسالك البولية والتناسلية |
| قسم طب وجراحة العيون | قسم علاج الأورام والطب النووى | قسم الأشعة التشخيصية |
| قسم الأمراض الجلدية والتناسلية | قسم أمراض النسا والتوليد | قسم طب القلب والأوعية الدموية |
| قسم جراحة القلب والصدر | قسم الأذن والأنف والحنجرة | قسم التخاطب |
| قسم السمعيات | قسم الأمراض الباطنة | قسم الأمراض العصبية والنفسية |
| قسم طب المناطق الحارة والجهاز الهضمي | قسم طب الأطفال | قسم الطب الطبيعى والروماتيزم والتأهيل |
| قسم الباثولوجيا الإكلينيكية | قسم التخدير والعناية المركزة الجراحية | قسم الأمراض الصدرية |
ولاتزال الجهود المبذولة مستمرة لإستكمال التطوير لاقسام (الإستقبال- الطوارئ – العظام)، حيث جارى العمل على تطويرهم بعد توفير الإعتمادات اللازمة وأخذ الموافقات بلجنة الإنشاءات بالجامعة، كما أنه لم يقتصردور المستشفى الجامعى على علاج المترددين عليها بل يمتد إلى عمل قوافل طبية تجوب أنحاء المحافظة وكذلك المدن المجاورة.